Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащённый искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги. Вместе с напарником Тогусой Бато привлечён к расследованию серии убийств роботами своих владельцев, причём все роботы относятся к эсперементальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса — не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку.

У Акиры Нацумэ фобия электрических устройств, хотя в то же время он очень хорош в их диагностике. Он решает изменить себя к лучшему, завести себе девушку, как уже сделал его старший брат... Однако Акира неожиданно умирает. (да, от грузовика). Спустя 16 лет полицейская из специального отдела и ее партнер-андроид захватывают и активируют высокоразвитый ИИ и супер-оружие под названием "EX-ARM". Они отдают ему полный контроль над своим кораблем в качестве последнего шанса спастись. Однако высокоразвитый ИИ оказывается мозгом Акиры!